Убираем %category% из урл

Чтобы убрать %category% из урл, достаточно добавить хук на get_header:

add_action('get_header', 'my_header');
function my_header() {
  global $wp_rewrite;
  $wp_rewrite->category_structure = '/%category%';
}

можно прописать в файле functions.php в папке темы

UPD: На WordPress версии 3.1.1 и 3.2.1 предыдущий код не работает, но работает вот этот:

add_action('get_header', 'my_header');
function my_header() {
  global $wp_rewrite;
  $wp_rewrite->add_permastruct('category', '/%category%', false);
}